Il Segretariato dell'EDPB ha sede a Bruxelles e offre supporto analitico, amministrativo e logistico all'EDPB. Ciò comprende:
- Preparazione, redazione, traduzione e pubblicazione dei pareri dell'EDPB, delle decisioni vincolanti e di altri testi;
 - Garantire la comunicazione con le istituzioni europee e il pubblico;
 - Fornire soluzioni informatiche per la comunicazione tra i membri dell'EDPB;
 - Organizzazione delle riunioni dell'EDPB.
 
Il Segretariato dell'EDPB è composto da un servizio giuridico, un ufficio Comunicazione, un team informatico e un team amministrativo.
Il personale del Segretariato è assunto dall’EDPS e opera sotto l’autorità del presidente dell'EDPB. I termini della cooperazione tra l'EDPB e il EDPS sono stabiliti dal memorandum d'intesa.
Isabelle VEREECKEN
      
            Head of the EDPB Secretariat
      
          
Gwendal LE GRAND
      
            Deputy Head of Unit
      
          Myriam GUFFLET
      
            Litigation and International Affairs Sector
      
          Carolina FOGLIA
      
            Legal Affairs - Cooperation and Enforcement Sector
      
          Greet GYSEN
      
            Information and Communications Sector
      
          Effrosyni PANAGOU
      
            Administrative Matters Sector
      
          Ahmed IMMOUN
      
            IT Matters Sector